Beste boekhoudprogramma voor je webshop in 2025

Het beste boekhoudprogramma voor een kleine webshop is e-Boekhouden vanwege de lage prijs, makkelijke interface en functionaliteiten. Voor (middel)grote webshops die meer orders verwerken is Exact Online het meest complete en schaalbare boekhoudprogramma. Het biedt veel functionaliteiten, automatiseringsmogelijkheden en heeft een ingebouwd CRM-systeem waardoor klantrelaties goed onderhouden kunnen worden. 

In dit artikel lees je de volledige vergelijking voor de beste boekhoudsoftware voor je webshop. Deze review is geschreven door Gijs van Hoebeginik.nl. 

Top 5 boekhoudprogramma’s voor webshops

*Let op: bovenstaande top 5 kan veranderen op basis van vernieuwingen en dus niet precies overeenkomen met de onderstaande vergelijking. 

De belangrijkste functionaliteiten voor een boekhoudprogramma voor een webshop

De administratie van een webshop kan al snel complex en onoverzichtelijk worden. Denk aan het beheren van orders en voorraad, het verwerken van betalingen, het opstellen en versturen van offertes en facturen, en het onderhouden van klanttevredenheid. Met slimme software wordt dit een stuk makkelijker. 

Een goed boekhoudprogramma voor een webshop bevat in ieder geval de volgende onderdelen: 

✅ Orderbeheer om goed inzicht te krijgen in de binnenkomende bestellingen. Zo mis je nooit een order en haal je het meeste uit elke bestelling. 

✅ Voorraadbeheer is essentieel voor een webshop. Hiermee breng je precies in kaart hoeveel voorraad je nog over hebt, zodat jij kan bepalen wanneer en hoeveel je moet inkopen. Dit helpt je om scherper in te kopen en betere marges te behalen. 

✅ Makkelijke offertes en facturatie zijn een essentieel onderdeel van ieder bedrijf. Met boekhoudsoftware ben je geen uren meer kwijt aan het opstellen en versturen van deze documenten, maar staat alles klaar in een standaard template en wordt alles automatisch ingeladen. Versturen maar!

✅ Goede integratie met andere systemen, zoals een webshopplatform en een kassasysteem om het maximale uit je webshop te halen. Er zijn vele applicaties die het beheren van je webshop en het meten van resultaten zoveel makkelijker maken. Een goed boekhoudprogramma biedt hiervoor mogelijkheden. 

✅ Een CRM-systeem biedt je de mogelijkheid om klantrelaties te beheren en te versterken. Met de vele webshops die er tegenwoordig zijn is een goede klantrelatie heel erg waardevol. Zo kan je de Customer Lifetime Value van je klanten verhogen en het maximale uit elke interactie halen. 

✅ Easy-to-use interface om het geheel overzichtelijk te houden. Met de vele bewegende onderdelen is het fijn als de software makkelijk te gebruiken is en je als ondernemer er direct mee aan de slag kan. 

✅ Veiligheid is niet te missen in dit rijtje van functionaliteiten. De vele financiële -en contactgegevens is het erg belangrijk dat het programma dit veilig opslaat en beheert. 

De beste boekhoudprogramma’s voor een webshop met elkaar vergeleken

Om te bepalen welk boekhoudprogramma het beste is voor je webshop, hebben we vijf programma’s met elkaar vergeleken. In de vergelijking hebben we zowel programma’s voor kleine webshops als programma’s voor (middel)grote webshops meegenomen.

De omvang van de webshop bepaalt namelijk in welke mate je welke functionaliteiten nodig zal hebben. Met een paar honderd bestellingen per jaar heb je genoeg aan een standaard order- en voorraadbeheer functie. Naarmate bestellingen verder toenemen zal je een geavanceerder systeem nodig hebben waarmee je deze aantallen beter kan beheren. 

Wil je direct zien welke software het beste is voor een kleine of een grote webshop? Scroll dan even naar beneden. Voor een uitgebreide vergelijking van de beste webshop software verwijs ik je graag naar de onderstaande twee tabellen. 

Prijs en tevredenheid

Functionaliteiten

Belang van koppelingen en API’s voor het automatiseren van je boekhouding

Om een boekhoudprogramma zo compleet en automatisch mogelijk te maken, kan je gebruik maken van koppelingen. De meest complete programma’s, zoals Exact Online, hebben weinig tot geen koppelingen nodig. De minder complete en goedkopere programma’s, zoals e-Boekhouden en Informer Online, bieden echter veel mogelijkheden aan voor koppelingen, om de software volledig aan te laten sluiten op de specifieke wensen en behoeften van de webshop.

Denk aan een koppeling met een kassasysteem om je verkopen goed te registreren, een CRM-systeem om klantrelaties beter te managen of een koppeling voor beter voorraadbeheer. Deze koppelingen zijn mogelijk door zogeheten API’s, oftewel Application Programming Interface. Dit is software dat ervoor zorgt dat twee applicaties met elkaar kunnen communiceren. 

Dankzij API’s kunnen een hoop menselijke handelingen geautomatiseerd worden, waardoor fouten en tijd verminderd kunnen worden. Vaak biedt een boekhoudprogramma koppelingen aan. Als er nog geen koppeling is, maar je dit wel graag wil kan je bijvoorbeeld Combidesk benaderen om een koppeling te maken. 

Beste boekhoudsoftware voor een kleine webshop

Om te bepalen wat het beste programma is voor kleine webshops hebben we gelet op: de maandelijkse kosten, gebruiksvriendelijkheid, schaalbaarheid en of het de benodigde functies, dan wel mogelijkheden tot koppelingen biedt, waardoor het geschikt is voor een kleine webshop. 

Moneybird is een compleet programma die mee kan groeien met je webshop, maar de maandelijkse kosten kunnen al snel oplopen doordat je extra moet betalen per transactie. Voor een webshop is dit niet handig. Informer Online is ook redelijk compleet, maar de gebruiksvriendelijkheid en logica van de software laat wat te wensen over. 

Voor kleine webshops is e-Boekhouden de beste keuze. Dit boekhoudprogramma biedt een uitstekende prijs-kwaliteitverhouding en is specifiek gericht op starters en kleine ondernemers.

Enkele voordelen van e-Boekhouden:

✅ Lage kosten: al vanaf €9,95 per maand en zelfs 15 maanden gratis voor starters.
✅ Gebruiksvriendelijke interface: makkelijk te begrijpen zonder boekhoudkundige achtergrond.
✅ Goede webshop-integraties: koppelingen met o.a. Shopify en WooCommerce.
✅ Automatische btw-aangifte: eenvoudig je btw direct indienen bij de Belastingdienst.
✅ Facturatie en bankkoppelingen: snelle verwerking van betalingen en automatische facturen.

✅Ingebouwde voorraadbeheer functie: Houd makkkelijk je voorraad bij en koop op het juiste moment in.

✅ Schaalbaar: Hoewel het voor kleine ondernemers is, kan je met e-Boekhouden goed doorschalen.

Naast het ingebouwde voorraadbeheer systeem, biedt e-Boekhouden koppelingen met externe tools, waardoor je deze en andere functionaliteiten eenvoudig kunt toevoegen. Voor kleine webshops die een betaalbaar, eenvoudig en compleet boekhoudprogramma zoeken, is e-Boekhouden in onze ogen de beste keuze.

Beste boekhoudsoftware voor een grote webshop

Bij het kiezen van het meest geschikte boekhoudprogramma voor een grote webshop hebben we vooral gekeken naar de compleetheid van de software qua functionaliteiten. Een grote webshop heeft veel bewegende onderdelen en moet in staat zijn om veel bestellingen goed te verwerken.

Daarom is het een groot voordeel als een boekhoudpakket zoveel mogelijk functionaliteiten in-house heeft, zodat je niet afhankelijk bent van tientallen externe koppelingen.

Op basis van deze criteria komt Exact Online als beste keuze naar voren voor middelgrote en grote webshops. Dit programma is al ruim 30 jaar marktleider en biedt alles wat nodig is om een webshop soepel te laten draaien.

Enkele voordelen van Exact Online:

✅ Uitgebreid voorraad- en orderbeheer: Geïntegreerde functies om grote hoeveelheden bestellingen efficiënt te verwerken.
✅ Automatisering van facturatie en betalingen: Minder handmatige handelingen en minder kans op fouten.
✅ CRM-systeem: Helpt bij het beheren en versterken van klantrelaties.
✅ Koppelingen en API-integraties: Werkt naadloos samen met e-commerceplatformen, ERP-systemen en andere tools.
✅ Geavanceerde rapportages en dashboards: Volledig inzicht in de financiële prestaties van je webshop.

Exact Online is een complete oplossing, maar daar hangt ook een prijskaartje aan. Voor grote webshops die veel bestellingen verwerken en hun administratie zoveel mogelijk willen automatiseren, is het echter de meest efficiënte keuze.

Indien Exact te duur is, dan biedt SnelStart een goed alternatief. Dit programma biedt veel functionaliteiten en een gebruiksvriendelijke interface, maar mist enkele handige opties zoals een ingebouwd CRM en geavanceerde automatiseringen. 

Dit heb je als webshop nodig voor een complete administratie 

Als webshop ben je verplicht om een goede administratie bij te houden. Volgens de Belastingdienst bestaat deze uit:

• In- en verkoopfacturen (uitgaande en inkomende facturen)
• Bonnen en kwitanties (voor zakelijke uitgaven)
• Kasadministratie (alle contante inkomsten en uitgaven)
• Bankafschriften (zakelijke rekeningen en betalingen)
• Loonadministratie (salarisgegevens als je personeel hebt)
• Belastingaangiften (btw-aangiften, inkomstenbelasting, vennootschapsbelasting)
• Contracten en overeenkomsten (zoals huurovereenkomsten en leningen)
• Voorraadadministratie (indien van toepassing)
• Urenregistratie (voor de zelfstandigenaftrek, als je zzp’er bent)
• Rittenregistratie (bij zakelijk gebruik van een privéauto)

Als ondernemer ben je verplicht om je administratie minimaal 7 jaar te bewaren. Dit wordt ook wel de bewaarplicht genoemd en zorgt ervoor dat de Belastingdienst altijd een controle kan uitvoeren indien er verdenkingen zijn van fraude. 

OSS-regeling voor leveringen buiten de EU

De OSS-regeling (One Stop Shop) is een btw-aangiftesysteem voor grensoverschrijdende verkopen binnen de EU. Als je met je webshop producten levert aan consumenten in andere EU-landen kan je via dit systeem in je eigen land btw aangeven en afdragen, in plaats van zich in elk afzonderlijk EU-land te registreren voor btw.

Dit maakt de administratie een stuk makkelijker aangezien je niet per land apart aangifte hoeft te doen. De OSS-regeling geldt voor afstandsverkopen aan consumenten en is vooral relevant als je jaarlijkse omzet in een ander EU-land boven de €10.000 uitkomt.

Boekhouding zelf doen of toch uitbesteden? 

Dit hangt af van je bedrijfsgrootte en voorkeur. Als startende ondernemer kun je je boekhouding zelf bijhouden in Excel, maar dit wordt al snel onoverzichtelijk en foutgevoelig. Al helemaal met verschillende bestellingen en producten. Een boekhoudprogramma is dan een betere optie en biedt veel handige functies.

Als je net begint met je webshop kan je boekhouding vaak lang zelf doen met software. Maar naarmate je bedrijf groeit, wordt (gedeeltelijk) uitbesteden interessanter. Een boekhouder bespaart namelijk tijd, voorkomt fouten en kan op termijn geld schelen.

Je kunt ook een combinatie kiezen: bijvoorbeeld zelf facturen maken en bonnetjes boeken, terwijl een boekhouder de aangiftes regelt. Zo houd je controle, maar bespaar je tijd en voorkom je fouten. Wat het beste werkt, hangt af van je situatie en voorkeuren.

Zo kies je het beste boekhoudprogramma voor je webshop

Om te bepalen wat het beste boekhoudprogramma is, moet je vooral kijken naar wat voor functionaliteiten jij wil hebben om je webshop goed te beheren. In de basis moet je goede financiële overzichten hebben en makkelijk offertes en facturen kunnen schrijven. Goede functies voor je webshop zijn voorraad- en order beheer in combinatie met een CRM-systeem. 

De grootte van je webshop bepaalt in welke mate je deze functies nodig hebt. Ben je er toch nog niet helemaal uit en wil je liever zelf nog even verder kijken? Vergelijk dan hier de beste boekhoudprogramma’s! 

Veelgestelde vragen